Single-cell RNA sequencing ~ Session 2 ¶ ¶ ¶

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A basic scRNAseq workflow

overview

A basic scRNAseq workflow

• Load data into Seurat
• Data normalization with Seurat
• Calculate mitochondrial content
• Estimate cell cycle phases with Seurat and cyclone
• Evaluate Doublets with scrublet
• QC plots
• Dimension reduction with Seurat
• Clustering with Seurat
• Evaluate results - cell type specific clusters
• Identify marker genes by clusters

Seurat

• An R toolkit for single cell genomics link
• The workflow we used in this section was based on Seurat vignette link.
• References
  • Seurat V4, Hao, Hao et al., Cell (2021) link
  • Seurat V3, Stuart, Butler et al., Cell (2019) link
  • Seurat V2, Butler, et al., Nat Biotechnol (2018) link
  • Seurat V1, Satija, Farrell, et al., Nat Biotechnol (2015) link
• Demo data used in this section was the 10k Human PBMC data from 10X Genomics link.

Set Up

All prerequisites, links to material and slides for this course can be found on github. At this point hopefully everyone has installed the required packages listed on our homepage.

• Bootcamp

Or can be downloaded as a zip archive from here.

• Download zip

Course materials

Once the zip file in unarchived. All presentations as HTML slides and pages, their R code and HTML practical sheets will be available in the directories underneath.

• presentations/slides/ Presentations as an HTML slide show.
• presentations/singlepage/ Presentations as an HTML single page.
• presentations/r_code/ R code in presentations.
• exercises/ Practicals as HTML pages.
• answers/ Practicals with answers as HTML pages and R code solutions.

What is our data?

We will use the 10k Human PBMC data from 10X genomics. We will be using the filtered dataset that has been produced by Cell Ranger.

download.file("https://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/6.1.0/10k_PBMC_3p_nextgem_Chromium_Controller/10k_PBMC_3p_nextgem_Chromium_Controller_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz",
    "10k_PBMC_3p_nextgem_Chromium_Controller_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz")

untar("10k_PBMC_3p_nextgem_Chromium_Controller_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz")

Cell Ranger to Seurat

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Load cellranger matrix into matrix

library(Seurat)

mtx <- Seurat::Read10X(mtx_dir)

is(mtx)

##  [1] "dgCMatrix"      "CsparseMatrix"  "dsparseMatrix"  "generalMatrix" 
##  [5] "dCsparseMatrix" "AnyMatrix"      "xgCMatrix"      "dMatrix"       
##  [9] "sparseMatrix"   "compMatrix"     "Matrix"         "xMatrix"       
## [13] "mMatrix"        "replValueSp"

head(mtx)

## 6 x 11485 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

##   [[ suppressing 11485 column names 'AAACCCAAGGTAGTCG-1', 'AAACCCACAATCCAGT-1', 'AAACCCACACCGTCTT-1' ... ]]

##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                                
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
##                                                                  
## MIR1302-2HG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## FAM138A     . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## OR4F5       . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.1  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.3  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## AL627309.2  . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Load in .h5 format matrix

As an alternative we can use Read10X_h5 function to read cellranger matrix from an .h5 file. This format is often used by python packages.

h5_file <- "path to matrix h5 file"
h5_file <- "~/Downloads/10k_PBMC_3p_nextgem_Chromium_Controller_molecule_info.h5"
mtx <- Seurat::Read10X_h5(h5_file)

Create Seurat object from matrix

The matrix is loaded into Seurat object with CreateSeurtObject()

Cut-offs: + min_gene: minimum genes detected per cell: cells with too few genes detected + min_cell: minimum cells a gene expressed in: Remove genes expressed in too few cells

sample_id <- "PBMC_10k"  # sample name
min_gene <- 200
min_cell <- 10

seu_obj <- Seurat::CreateSeuratObject(mtx, project = sample_id, min.cells = min_cell,
    min.features = min_gene)

Add sample names to Seurat object

We typically add sample information as this will add clarity later when we think about multi-sample comparisons.

You will notice throughout this workflow we will keep assigning back to the same Seurat object as we update and modify the object as we process our data.

seu_obj[["dset"]] <- sample_id  # Create a category for sample
seu_obj <- Seurat::RenameCells(seu_obj, add.cell.id = sample_id)  # add sample name in front of cell barcode

The Seurat object

We can look at the Seurat object to get information about the dataset.

seu_obj

## An object of class Seurat 
## 18389 features across 11428 samples within 1 assay 
## Active assay: RNA (18389 features, 0 variable features)

head(seu_obj, 2)

##                             orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA     dset
## PBMC_10k_AAACCCAAGGTAGTCG-1   PBMC_10k       6086         1747 PBMC_10k
## PBMC_10k_AAACCCACAATCCAGT-1   PBMC_10k      14622         3736 PBMC_10k

Mitochondrial Proportion

---

Mitochondrial Proportion

Like everything scRNAseq is imperfect. Often cellular debris makes its way into a droplet.

We can find a lot of these bad droplets by looking for a high percentage of mitochondrial counts.

Estimate mitochondrial proportion

The PercentageFeatureSet() function can be used to estimate the percentage of all counts that belong to a set of features. These features can be given as a vector or as a pattern.

If we give a vector we have to make sure the given genes are detected in the Seurat object. They may have been filtered out.

mt_gene <- c("MT-ND1", "MT-ND2", "MT-ND3", "MT-ND4", "MT-ND4L", "MT-ND5", "MT-ND6",
    "MT-CO1", "MT-CO2", "MT-CO3", "MT-ATP6", "MT-ATP8", "MT-CYB")
mt_gene_det <- mt_gene[mt_gene %in% rownames(seu_obj)]
seu_obj[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(seu_obj, features = mt_gene_det)
summary(seu_obj$percent.mt)

##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##   0.000   5.757   7.090   7.803   8.611  74.980

Estimate mitochondrial proportion

We can also use regular expression pattern matching to define our feature sets. This is often easier, but may not be possible, depending on your organism.

seu_obj[["percent.mt2"]] <- PercentageFeatureSet(seu_obj, pattern = "^MT-")
summary(seu_obj$percent.mt2)

##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##   0.000   5.757   7.090   7.803   8.611  74.980

Estimate mitochondrial proportion

We can double check that this matches easily by comparing the percentages.

library(ggplot2)
dat <- data.frame(byPattern = seu_obj$percent.mt, byGene = seu_obj$percent.mt2, stringsAsFactors = FALSE)
cor_val <- cor.test(dat$byPattern, dat$byGene, method = "spearman")
ggplot(dat, aes(x = byPattern, y = byGene)) + geom_point() + geom_smooth() + labs(x = "% of MT, est by genes",
    y = "% of MT,est by pattern", subtitle = paste0("rho=", round(cor_val$estimate,
        3), "; p-value=", cor_val$p.value[1])) + theme_classic()

Estimate mitochondrial proportion

## Warning in cor.test.default(dat$byPattern, dat$byGene, method = "spearman"):
## Cannot compute exact p-value with ties

## `geom_smooth()` using method = 'gam' and formula = 'y ~ s(x, bs = "cs")'

Normalization, feature selection, and data scaling

---

To scaled data

• Normalization: Feature counts are normalized to total counts each cell
• Feature selection: Identifies features that are highly variable
• Data scaling: Scales and centers features in the dataset

To scaled data

There are 2 main approaches for this: - Log normalization [default] - SCTransform

We often find the results of these are fairly consistent, but there is growing trend in publications towards SCTransform, instead of the Seurat default of using log normalization.

Log normalization

To do this in Seurat we have 3 functions: * log normalization with NormalizeData() * Identify Variable Features with FindVariableFeatures() * Scale Data with ScaleData()

Log normalization - Normalization

When using the NormalizeData() function we use the defaults for the normalization method and scale factor.

seu_obj <- NormalizeData(seu_obj, normalization.method = "LogNormalize")

Log normalization - Features

Next we use FindVariableFeatures() with the default VST method. We can select the number features we want to identify. These will be the most variable. In this case we are taking 3000.

seu_obj <- FindVariableFeatures(seu_obj, select.method = "vst", nfeatures = 3000)

## Warning: The following arguments are not used: select.method

Log normalization - Scaling

Scales and center features in the dataset

seu_obj <- ScaleData(seu_obj)

## Centering and scaling data matrix

Highly Variable Features

• Highly variable features were colored with red.
• Gene symbols of the top 10 highly variable features were labeled near by the spots

top10 <- head(VariableFeatures(seu_obj), 10)

plot1 <- VariableFeaturePlot(seu_obj)
plot2 <- LabelPoints(plot = plot1, points = top10, repel = TRUE)
plot2

Highly Variable Features

• Highly variable features were colored with red.
• Gene symbols of the top 10 highly variable features were labeled near by the spots

## When using repel, set xnudge and ynudge to 0 for optimal results

SCTransform

• SCTransform is a normalization based on negative binomial regression.
• It is performed with SCTransform() function of Seurat.
• This function equal to the combinations of NormalizeData(), FindVariableFeatures(), and ScaleData().

seu_obj <- SCTransform(seu_obj, variable.features.n = 3000)
seu_obj

## An object of class Seurat 
## 36778 features across 11428 samples within 2 assays 
## Active assay: SCT (18389 features, 3000 variable features)
##  1 other assay present: RNA

SCTransform

The normalized data is stored in assay SCT. We can see this is now the active assay. Our log normalization is stored in the “RNA” assay.

seu_obj

## An object of class Seurat 
## 36778 features across 11428 samples within 2 assays 
## Active assay: SCT (18389 features, 3000 variable features)
##  1 other assay present: RNA

log normalization vs SCTransform

We can extract out the results of our normalized and scaled data with the GetAssayData() function.

log_mat <- GetAssayData(seu_obj, assay = "RNA", slot = "data")
log_mat <- as.matrix(log_mat)

## Warning in asMethod(object): sparse->dense coercion: allocating vector of size
## 1.6 GiB

log_avgExp <- rowMeans(log_mat)

sct_mat <- GetAssayData(seu_obj, assay = "SCT", slot = "data")
sct_mat <- as.matrix(sct_mat)

## Warning in asMethod(object): sparse->dense coercion: allocating vector of size
## 1.6 GiB

sct_avgExp <- rowMeans(sct_mat)

log normalization vs SCTransform

We can test the concordance with Spearman’s correlation.

dat <- data.frame(logNorm = log_avgExp, SCT = sct_avgExp)
cor_val <- cor.test(log_avgExp, sct_avgExp, method = "spearman")

ggplot(dat, aes(x = logNorm, y = SCT)) + geom_point() + geom_smooth() + labs(x = "Log_Normalization",
    y = "SCTransform", subtitle = paste0("rho=", round(cor_val$estimate, 3), "; p-value=",
        cor_val$p.value[1])) + theme_classic()

log normalization vs SCTransform

We can see there is very high similarity between the results.

## Warning in cor.test.default(log_avgExp, sct_avgExp, method = "spearman"):
## Cannot compute exact p-value with ties

## `geom_smooth()` using method = 'gam' and formula = 'y ~ s(x, bs = "cs")'

Cell Cycle Phases

---

Cell Cycle Phases

The cell cycle can have a massive impact on gene expression variation across a population and is rarely a signature we are trying to find in our data. We can use several methods to regress out these signatures. But, before we do that we need to estimate the cell cycle phase of every cell.

Cell Cycle Phases

In this step, we will introduce two methods to estimate cell cycle phase for each cell. - The CellCycleScoring function in Seurat - Cyclone function in scran

Cell Cycle and Seurat

To estimate the cell cycle phase we need a list of genes that correspond to each cell cycle phase. Seurat does provide these in a list called cc.genes, which contains S-phase and G2/M-phase genes for humans.

feat_s <- cc.genes$s.genes
feat_g2m <- cc.genes$g2m.genes

feat_s

##  [1] "MCM5"     "PCNA"     "TYMS"     "FEN1"     "MCM2"     "MCM4"    
##  [7] "RRM1"     "UNG"      "GINS2"    "MCM6"     "CDCA7"    "DTL"     
## [13] "PRIM1"    "UHRF1"    "MLF1IP"   "HELLS"    "RFC2"     "RPA2"    
## [19] "NASP"     "RAD51AP1" "GMNN"     "WDR76"    "SLBP"     "CCNE2"   
## [25] "UBR7"     "POLD3"    "MSH2"     "ATAD2"    "RAD51"    "RRM2"    
## [31] "CDC45"    "CDC6"     "EXO1"     "TIPIN"    "DSCC1"    "BLM"     
## [37] "CASP8AP2" "USP1"     "CLSPN"    "POLA1"    "CHAF1B"   "BRIP1"   
## [43] "E2F8"

feat_g2m

##  [1] "HMGB2"   "CDK1"    "NUSAP1"  "UBE2C"   "BIRC5"   "TPX2"    "TOP2A"  
##  [8] "NDC80"   "CKS2"    "NUF2"    "CKS1B"   "MKI67"   "TMPO"    "CENPF"  
## [15] "TACC3"   "FAM64A"  "SMC4"    "CCNB2"   "CKAP2L"  "CKAP2"   "AURKB"  
## [22] "BUB1"    "KIF11"   "ANP32E"  "TUBB4B"  "GTSE1"   "KIF20B"  "HJURP"  
## [29] "CDCA3"   "HN1"     "CDC20"   "TTK"     "CDC25C"  "KIF2C"   "RANGAP1"
## [36] "NCAPD2"  "DLGAP5"  "CDCA2"   "CDCA8"   "ECT2"    "KIF23"   "HMMR"   
## [43] "AURKA"   "PSRC1"   "ANLN"    "LBR"     "CKAP5"   "CENPE"   "CTCF"   
## [50] "NEK2"    "G2E3"    "GAS2L3"  "CBX5"    "CENPA"

Cell Cycle and Seurat

The CellCycleScoring() function the scores each cell based on specific features for S-phase/G2M-phase. For a given cell with significant high S.Score or G2M.Score they are assigned as S/G2M. Cells with low both S.Score and G2M.Score were assigned as G1.

This will overestimate cells in S-/G2M-phases in the tissues with low cell cycle i.e. neurons.

We will be focusing on our log normalized results, so first we need to make that the active assay.

DefaultAssay(seu_obj) <- "RNA"
seu_obj <- CellCycleScoring(seu_obj, s.features = feat_s, g2m.features = feat_g2m)

## Warning: The following features are not present in the object: MLF1IP, not
## searching for symbol synonyms

## Warning: The following features are not present in the object: FAM64A, HN1,
## CDC25C, not searching for symbol synonyms

Cell cycle score vs phase

To assess our assignment we can check the score given for each cell, against what phase it was assigned to. To do this we need to make a data frame of scores.

dat_s <- data.frame(cell_id = Cells(seu_obj), cat = "S_Score", Phase = seu_obj$Phase,
    score = seu_obj$S.Score)

dat_g2m <- data.frame(cell_id = Cells(seu_obj), cat = "G2M_Score", Phase = seu_obj$Phase,
    score = seu_obj$G2M.Score)

dat <- rbind(dat_s, dat_g2m)
dat$Phase <- factor(dat$Phase, levels = c("G1", "S", "G2M"))

Cell cycle score vs phase

We can see in both S and G2/M scores are highest in cells with the corresponding assignment.

ggplot(dat, aes(x = Phase, y = score, fill = Phase)) + geom_boxplot() + labs(x = "",
    y = "Score", fill = "Phase") + facet_wrap(~cat) + theme_classic()

Cell cycle estimation by cyclone

An alternative approach is to use the cyclone() function in scran. This is much slower than CellCycleScoring() in Seurat.

The first step is to convert our Seurat object to a SinlgeCellExperiment object.

library(scran)

sce <- as.SingleCellExperiment(seu_obj, assay = "RNA")
rowData(sce)$SYMBOL <- rownames(sce)
sce

## class: SingleCellExperiment 
## dim: 18389 11428 
## metadata(0):
## assays(2): counts logcounts
## rownames(18389): AL627309.1 AL627309.5 ... AC004556.3 AC007325.4
## rowData names(1): SYMBOL
## colnames(11428): PBMC_10k_AAACCCAAGGTAGTCG-1
##   PBMC_10k_AAACCCACAATCCAGT-1 ... PBMC_10k_TTTGTTGTCTGTACAG-1
##   PBMC_10k_TTTGTTGTCTTCTAAC-1
## colData names(10): orig.ident nCount_RNA ... Phase ident
## reducedDimNames(0):
## mainExpName: RNA
## altExpNames(0):

Cell cycle estimation by cyclone

We also need a list of genes that correspond to each cycle stage. Cyclone does not just assume that unassigned cells are G1. Instead it uses G1-specific genes to actively assign cells to 3 groups, G1, S and G2/M.

Cyclone requires a list as an input. The first slot contains the names of each group of genes i.e. G1, S and G2/M. The remaining slots contain the relevant genes for each group.

We have the list here for you to load in.

load("data/ccGene_mouse_human_geneSymbol_ensemblID_20220817.RData")
ccGene_hs <- ccGene_mm_hs$human_symbol
lapply(ccGene_hs, function(x) {
    head(x, 2)
})

## $G1
##   first second
## 1 GNAI3   PWP1
## 2 GNAI3  ASF1B
## 
## $S
##   first second
## 1 GNAI3   SSR4
## 2 GNAI3 RAB11A
## 
## $G2M
##   first second
## 1 GNAI3 TSG101
## 2 GNAI3   CDC6

Running cyclone

We just provide the the SinlgeCellExperiment object, the cell cycle gene list, and also a vector of all gene names.

Remember! This is slow. We have a processed result you can also load in.

assignments <- cyclone(sce, ccGene_hs, gene.names = rowData(sce)$SYMBOL)

load("data/cyclone.RData")

Cyclone results

Cyclone estimates the score for each phase in each cell. It will then assign the cell cycle phases by the highest score

lapply(assignments, head)

## $phases
## [1] "G1" "G1" "G1" "G1" "G1" "G1"
## 
## $scores
##      G1     S   G2M
## 1 0.993 0.270 0.012
## 2 1.000 0.026 0.000
## 3 0.961 0.668 0.000
## 4 0.917 0.408 0.024
## 5 1.000 0.024 0.000
## 6 1.000 0.010 0.060
## 
## $normalized.scores
##          G1           S         G2M
## 1 0.7788235 0.211764706 0.009411765
## 2 0.9746589 0.025341131 0.000000000
## 3 0.5899325 0.410067526 0.000000000
## 4 0.6797628 0.302446256 0.017790956
## 5 0.9765625 0.023437500 0.000000000
## 6 0.9345794 0.009345794 0.056074766

Cyclone and Seurat

We can take our Cyclone results and assign them back into our orignal Seurat object.

seu_obj[["cyclon_Phase"]] <- assignments$phases
seu_obj[["cyclon_G1Score"]] <- assignments$scores$G1
seu_obj[["cyclon_SScore"]] <- assignments$scores$S
seu_obj[["cyclon_G2MScore"]] <- assignments$scores$G2M

Cell cycle score vs phase

Again, we assess our assignment by checking the score given for each cell, against what phase it was assigned to. We must first make a data frame of scores.

dat_g1 <- data.frame(cell_id = Cells(seu_obj), cat = "cyclon_G1Score", Phase = seu_obj$cyclon_Phase,
    score = seu_obj$cyclon_G1Score)

dat_s <- data.frame(cell_id = Cells(seu_obj), cat = "cyclon_SScore", Phase = seu_obj$cyclon_Phase,
    score = seu_obj$cyclon_SScore)

dat_g2m <- data.frame(cell_id = Cells(seu_obj), cat = "cyclon_G2MScore", Phase = seu_obj$cyclon_Phase,
    score = seu_obj$cyclon_G2MScore)

dat <- rbind(dat_g1, dat_s, dat_g2m)

dat$Phase <- factor(dat$Phase, levels = c("G1", "S", "G2M"))
dat$cat <- factor(dat$cat, levels = c("cyclon_G1Score", "cyclon_SScore", "cyclon_G2MScore"))

Cell cycle score vs phase

We can see in both S and G2/M scores are highest in cells with the corresponding assignment.

ggplot(dat, aes(x = Phase, y = score, fill = Phase)) + geom_boxplot() + labs(x = "",
    y = "Score", fill = "Phase") + facet_wrap(~cat) + theme_classic()

Compare the two strategies

Cell Cycle Phase determined by Seurat::CellCycleScoring()

table(seu_obj$Phase)

## 
##   G1  G2M    S 
## 3790 3827 3811

Cell Cycle Phase determined by scran::cyclone()

table(seu_obj$cyclon_Phase)

## 
##    G1   G2M     S 
## 11282    32   114

Compare the two strategies

Compare the two method: Seurat in row and scran in column

table(seu_obj$Phase, seu_obj$cyclon_Phase)

##      
##         G1  G2M    S
##   G1  3751   10   29
##   G2M 3764   21   42
##   S   3767    1   43

Compare the two strategies

• cyclone assigned more cells to G1 phase. It is typically much more conservative. This is good for cells that have a low cycle rate i.e. Neurons.
• cyclone spends more time than CellCycleScoring.
• It will likely be worth to process both methods and evaluate which results make more sense for your own dataset

Detecting Doublets

---

Detect doublets with Scrublet

Doublets mean multiple cells clumped in the same single droplet. This is a problem: * A doublet may have many more UMIs and Genes in a single cell barcode than the overall population. * Multiple marker genes can be detected in doublets at the same time, even if they are mutually exclusive.

Scrublet is a tool to detect doublets. * The GitHub link * Original Paper on bioRxiv link * It’s based on python. But we can use reticulate to invoke scrublet in R.

Installing Scrublet

We can install the scrublet easily using the Herper package. This uses reticulate to manage miniconda, a repository of tools from which we can install scrublet.

library(Herper)

conda_install <- install_CondaTools("scrublet", "scRNA", pathToMiniConda = "../mini")

Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = file.path(conda_install$pathToEnvBin, "python"))

Running scrublet

First, we need the Seurat counts as an input for scrublet.

mat <- GetAssayData(seu_obj, assay = "RNA", slot = "counts")
mat <- as.matrix(mat)

Running scrublet

As scrublet is a python tool, we use slightly different nomenclature to what we are used to for R functions.

# Loading the scrublet library
scr <- import("scrublet")
# Run scrublet
scrub <- scr$Scrublet(t(mat))
# Extract scrublet results
doublet <- scrub$scrub_doublets()
names(doublet) <- c("doublet_score", "doublet")

Scrublet results

Similar to the Cell Cycle scoring, we get a score and an assigment from scrublet.

Doublet score

summary(doublet$doublet_score)

##     Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max. 
## 0.004454 0.032778 0.061311 0.090659 0.101695 0.898876

Doublet Count

table(doublet$doublet)

## 
## FALSE  TRUE 
## 10770   658

Import Scrublet results into Seurat object

seu_obj[["doublet_score"]] <- doublet$doublet_score
seu_obj[["doublet"]] <- doublet$doublet

Assessing Doublets

UMIs (nCount), genes (nFeature), and doublet scores of each cell in doublets (TRUE) and singlets (FALSE).

VlnPlot(seu_obj, group.by = "doublet", features = c("nCount_RNA", "nFeature_RNA",
    "doublet_score"), pt.size = 0)

Assessing Doublets

UMIs (nCount), genes (nFeature), and doublet scores of each cell in doublets (TRUE) and singlets (FALSE).

FeatureScatter(seu_obj, feature1 = "nCount_RNA", feature2 = "nFeature_RNA", pt.size = 0.1,
    group.by = "doublet")

Quality Assessment

---

Distribution of variables in violin plot

We can use violin plots to check the distribution of specific variables such as: + UMIs (nCount_RNA) per cell + Genes detected (nFeature_RNA) per cell + Ratio of UMIs of mitochondrial genes to nucleus genes (percent.mt)

VlnPlot(seu_obj, group.by = "dset", features = c("nCount_RNA", "nFeature_RNA", "percent.mt"),
    pt.size = 0)

Distribution of variables in violin plot

If a bimodal distribution is identified, we need to check for any interference. We can see some evidence of bimodality in our dataset here.

Evaluating interactions

Scatter plots can be used to look for interactions between specific variables. Here we compare UMIs and genes detected per cell: * UMIs (nCount_RNA) and the genes detected (nFeature_RNA) should be in high correlation * Doublets with high UMIs and high genes detected.

FeatureScatter(seu_obj, feature1 = "nCount_RNA", feature2 = "nFeature_RNA", group.by = "doublet")

Evaluating interactions

Comparison between UMIs and genes detected per cell: * UMIs (nCount_RNA) and the genes detected (nFeature_RNA) should be in high correlation * Doublets with high UMIs and high genes detected.

Evaluating interactions

Comparison between UMI counts and the percent of mitochondrial content: * Potential cell debris would show low UMI counts (nCount_RNA) and high percentage of mitochondrial genes (percent.mt)

FeatureScatter(seu_obj, feature1 = "nCount_RNA", feature2 = "percent.mt")

Evaluating interactions

Comparison between UMI counts and the percent of mitochondrial content: * Potential cell debris would show low UMI counts (nCount_RNA) and high percentage of mitochondrial genes (percent.mt)

Ridge plot

• This plot would be applied to demonstrate a given variable and their corresponding score (e.g. doublet vs doublet_score).
• It is applied to evaluate the difference between groups in the variable.
• This plot would be widely applied in hash-tag determination of CITE-Seq. We could discuss more details in Section III.

RidgePlot(seu_obj, group.by = "doublet", features = c("doublet_score"))

Ridge plot

• This plot would be applied to demonstrate a given variable and their corresponding score (e.g. doublet vs doublet_score).
• It is applied to evaluate the difference between groups in the variable.
• This plot would be widely applied in hash-tag determination of CITE-Seq. We could discuss more details in Section III.

## Picking joint bandwidth of 0.0195

Filtering debris and doublets

---

Filtering doublets and cell debris

Cell debris are with high percent.mt and low UMI counts. Generally, we set various cut-off on percent.mt: * In most scRNA cases, we set the percent.mt > 10 (95% of overall population) * For several specific tissues with high oxygen consumption, like activated leukocytes or muscles, we set the percent.mt > 25. * For single-nuclei profiling, we should not get any UMIs originated from mitochondrial genes. We set the percent.mt > 1.

The doublets detected by Scrublet shall also be removed at this step.

Filtering doublets and cell debris

How many cells will be removed:

table(seu_obj$doublet == "TRUE" | seu_obj$percent.mt >= 10)

## 
## FALSE  TRUE 
##  9379  2049

Filtering the cells:

seu_filt <- subset(seu_obj, subset = doublet == "FALSE" & percent.mt < 10)

Regress out confounders

---

Variance and confounders

Though we have filtered out the most extreme problem cells we will likely still have confounders in our dataset. These are unexpected variables contribute to a high percent of the variances.

• The vars.to.regress argument in ScaleData() allows us account for confounders.
• For SCTransform data, we can use the same parameter in SCTransform().
• Common potential confounders: percent.mt, doublet_score, cell cycle scores

pot_conf <- c("percent.mt", "doublet_score", "cyclon_G1Score", "cyclon_SScore", "cyclon_G2MScore",
    "cyclon_Phase")
seu_filt <- ScaleData(seu_filt, vars.to.regress = pot_conf)
seu_filt <- SCTransform(seu_filt, vars.to.regress = pot_conf)

A basic scRNAseq workflow

overview

Dimension Reduction

---

Dimension Reduction

scRNAseq is highly dimensional data. To be able to tackle our data with approaches like clustering we need to simplify it down with dimension reduction. There are several steps:

• Perform linear dimensional reduction with Principle Component Analysis (PCA)
• Determine dimensionality with Elbow plot
• Process non-linear dimensional reduction with UMAP
• Need to select major PCs for the following clustering

Linear dimensional reduction

Perform PCA with RunPCA() function in Seurat. Set Principle components to 30.

set.seed(1001)
DefaultAssay(seu_filt) <- "RNA"
seu_filt <- RunPCA(seu_filt, assay = "RNA", npcs = 50)

## PC_ 1 
## Positive:  FGL2, FCN1, LYZ, CST3, MNDA, CTSS, TYMP, CYBB, IFI30, PSAP 
##     SERPINA1, NCF2, TYROBP, LST1, S100A9, AIF1, MPEG1, CSTA, DUSP6, TMEM176B 
##     FTL, TNFSF13B, CD68, SPI1, GRN, DUSP1, IGSF6, S100A8, MS4A6A, FOS 
## Negative:  RPS18, CD3E, IL32, LTB, CD3D, TRAC, CD3G, IL7R, BCL11B, PCED1B-AS1 
##     TRBC2, LDHB, ETS1, MALAT1, LCK, CD2, ARL4C, TCF7, LIME1, LBH 
##     CD7, CD27, PRKCQ-AS1, LINC00861, SPOCK2, PIK3IP1, CCR7, TRBC1, FCMR, GZMM 
## PC_ 2 
## Positive:  MS4A1, IGHM, CD79A, BANK1, LINC00926, RALGPS2, BCL11A, CD79B, NIBAN3, IGHD 
##     TNFRSF13C, SPIB, CD22, AFF3, IGKC, HLA-DQA1, LINC02397, VPREB3, PAX5, HLA-DRA 
##     CD74, BLNK, BLK, FCER2, TCF4, FCRL1, TCL1A, COBLL1, HLA-DRB1, GNG7 
## Negative:  NKG7, GZMA, CST7, PRF1, GNLY, CTSW, IL32, GZMM, S100A4, FYB1 
##     KLRD1, FGFBP2, CD247, CCL5, GZMH, CD3E, ANXA1, CCL4, CD7, CD2 
##     CD3D, TMSB4X, HOPX, KLRK1, SPON2, CD3G, MATK, KLRG1, LAIR2, KLRF1 
## PC_ 3 
## Positive:  GZMB, CLIC3, NKG7, C12orf75, GNLY, CST7, PRF1, GZMA, KLRD1, FGFBP2 
##     LILRA4, CCL5, CCL4, HOPX, GZMH, SPON2, CTSC, KLRF1, CLEC4C, SERPINF1 
##     PLD4, PLEK, ADGRG1, LRRC26, SMPD3, FCGR3A, PTGDR, LINC00996, SCT, RHOC 
## Negative:  CCR7, LEF1, S100A12, IL7R, PIK3IP1, TCF7, VCAN, TRABD2A, S100A8, MAL 
##     CD14, NOSIP, S100A9, CYP1B1, LTB, RCAN3, RBP7, OXNAD1, CD27, LDLRAP1 
##     CSF3R, AC020656.1, PADI4, PLBD1, FOS, PRKCQ-AS1, LDHB, PDE3B, MEGF9, CKAP4 
## PC_ 4 
## Positive:  CDKN1C, HES4, FCGR3A, TCF7L2, CTSL, MS4A7, CSF1R, IFITM3, MTSS1, SIGLEC10 
##     BATF3, CASP5, CKB, RRAS, AC104809.2, SMIM25, ABI3, CALHM6, AC064805.1, CALML4 
##     HMOX1, FAM110A, RHOC, MAFB, CAMK1, GPBAR1, WARS, HCAR3, NEURL1, MS4A4A 
## Negative:  S100A12, VCAN, S100A8, SLC2A3, ITGAM, CYP1B1, PADI4, CES1, RNASE6, MEGF9 
##     MGST1, ALOX5AP, METTL9, CD14, CD36, CSF3R, AC020656.1, QPCT, PLBD1, PGD 
##     AC020916.1, MCEMP1, S100A9, THBS1, CTSD, CKAP4, MS4A6A, RBP7, RNASE2, BST1 
## PC_ 5 
## Positive:  MS4A1, GNLY, CST7, KLRD1, NKG7, CD79A, PRF1, FGFBP2, BANK1, GZMA 
##     LINC00926, CCL4, CD79B, HOPX, KLRF1, TNFRSF13C, CD22, SPON2, CCL5, GZMH 
##     IGHD, FCRL3, PAX5, RALGPS2, ADGRG1, VPREB3, PTGDR, FCRL1, FCER2, IGHM 
## Negative:  LILRA4, SERPINF1, CLEC4C, LRRC26, TPM2, SCT, EPHB1, SMPD3, IL3RA, PACSIN1 
##     LINC00996, MAP1A, CIB2, DNASE1L3, PLD4, TNFRSF21, ZFAT, PTCRA, ITM2C, SCAMP5 
##     LAMP5, DERL3, SMIM5, PLEKHD1, SCN9A, PPM1J, PHEX, CUX2, AL096865.1, IL7R

Evaluate dimensionality with elbow plot

Typically we want to balance having enough/not too many groups with the most variance explained by the groups, to get the most parsimonious results. We use elbow plots to find an inflection point.

ElbowPlot(seu_filt, ndims = 50, reduction = "pca")

Deriving the elbow

We can use cutoffs to derive this computationally based on: * How low variation is. * How much variation has already been described. * The rate of change in variation between PCs.

library(dplyr)
# Determine percent of variation associated with each PC
pct <- seu_filt[["pca"]]@stdev/sum(seu_filt[["pca"]]@stdev) * 100
# Calculate cumulative percents for each PC
cumu <- cumsum(pct)

Deriving the elbow

We can use cutoffs to derive this computationally based on: * How low variation is. * How much variation has already been described. * The rate of change in variation between PCs.

# Determine which PC exhibits cumulative percent greater than 90% and %
# variation associated with the PC as less than 5
co1 <- which(cumu > 90 & pct < 5)[1]
# Determine the difference between variation of PC and subsequent PC, last
# point where change of % of variation is more than 0.1%.
co2 <- sort(which((pct[1:length(pct) - 1] - pct[2:length(pct)]) > 0.1), decreasing = T)[1] +
    1
pc <- min(co1, co2)

pc

## [1] 19

Deriving the elbow

We can now look at our cutoff on our elbow plot.

plot_df <- data.frame(pct = pct, cumu = cumu, rank = 1:length(pct))

ggplot(plot_df, aes(cumu, pct, label = rank, color = rank > pc)) + geom_text() +
    geom_vline(xintercept = 90, color = "grey") + geom_hline(yintercept = min(pct[pct >
    5]), color = "grey") + theme_bw()

Deriving the elbow

We can now look at our cutoff on our elbow plot. This seems to match the point where our data plateaus.

Make non-linear dimensional reduction

• Estimate neighbors with FindNeighors() function in Seurat
  • reduction method: PCA
  • use dimensions from 1 to the PCs detected by elbow plot
• Make non-linear dimensional reduction with UMAP

seu_filt <- FindNeighbors(seu_filt, dims = 1:pc, reduction = "pca")

## Computing nearest neighbor graph

## Computing SNN

seu_filt <- RunUMAP(seu_filt, dims = 1:pc, reduction = "pca")

## 03:07:06 UMAP embedding parameters a = 0.9922 b = 1.112

## 03:07:06 Read 9379 rows and found 19 numeric columns

## 03:07:06 Using Annoy for neighbor search, n_neighbors = 30

## 03:07:06 Building Annoy index with metric = cosine, n_trees = 50

## 0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%

## [----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|

## **************************************************|
## 03:07:07 Writing NN index file to temp file /tmp/Rtmp1mtYKb/file19025fcccebf
## 03:07:07 Searching Annoy index using 1 thread, search_k = 3000
## 03:07:11 Annoy recall = 100%
## 03:07:12 Commencing smooth kNN distance calibration using 1 thread with target n_neighbors = 30
## 03:07:14 Initializing from normalized Laplacian + noise (using irlba)
## 03:07:15 Commencing optimization for 500 epochs, with 398570 positive edges
## 03:07:28 Optimization finished

UMAP

We can now draw the results of our UMAP, which clearly separates our cells intro different groups. But this doesn’t mean anything until we cluster.

DimPlot(seu_filt)

Why UMAPs?

We will be making a lot of UMAPs going forward.

Relatively new approach (2018) and is generally used more than tSNE now. Though it sometimes faces criticism we find it does a good job on most data sets.

For a detailed explanation and discussion of dimension reduction approaches here are some resources:

Data Science blog post

Bioinformatic presentation - Babraham Institute

Clustering

---

Clustering

• The cells are clustered based on UMAP by using FindClusters() function in Seurat.
• The clustering is differentiated by original Louvain algorithm.
• To find out a better resolution, we test clustering with different resolutions and evaluate in a clustree.

Identify clusters

We will have a quick look first at how to run the clustering, using the FindClusters() function. We just need to provide our Seurat object and a resolution.

seu_filt <- FindClusters(seu_filt, resolution = 0.5)

## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.8996
## Number of communities: 13
## Elapsed time: 1 seconds

seu_filt[["cluster_byDefault"]] <- seu_filt$seurat_clusters

Identify clusters

Looking at the UMAP we can see good separation of clusters. But there may be room for improvement.

DimPlot(seu_filt, group.by = "seurat_clusters", label = TRUE, pt.size = 0.2) + NoLegend()

Testing resolutions

To identify the best resolution for each dataset we iteratively test potential resolutions.

library(clustree)

reso <- c(0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1)
reso_res <- lapply(1:length(reso), function(x, seu_filt, reso) {
    seu_filt <- FindClusters(seu_filt, resolution = reso[x])
    clust <- setNames(seu_filt$seurat_clusters, Cells(seu_filt))
    return(clust)
}, seu_filt, reso)

## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.9652
## Number of communities: 7
## Elapsed time: 1 seconds
## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.9453
## Number of communities: 9
## Elapsed time: 1 seconds
## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.9256
## Number of communities: 10
## Elapsed time: 1 seconds
## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.9108
## Number of communities: 11
## Elapsed time: 1 seconds
## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.8996
## Number of communities: 13
## Elapsed time: 1 seconds
## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.8876
## Number of communities: 14
## Elapsed time: 1 seconds
## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.8790
## Number of communities: 16
## Elapsed time: 1 seconds
## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.8715
## Number of communities: 17
## Elapsed time: 1 seconds
## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.8633
## Number of communities: 18
## Elapsed time: 1 seconds
## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.8563
## Number of communities: 19
## Elapsed time: 1 seconds

names(reso_res) <- paste0("k", 1:length(reso))

Testing resolutions

To identify the best resolution for each dataset we iteratively test potential resolutions.

k_tab <- do.call(cbind, reso_res)
k_dat <- as.data.frame(k_tab)

head(k_dat, 2)

##                             k1 k2 k3 k4 k5 k6 k7 k8 k9 k10
## PBMC_10k_AAACCCAAGGTAGTCG-1  2  2  2  4  4  2  2  2  2   3
## PBMC_10k_AAACCCACAATCCAGT-1  1  1  1  5  2  7  3  7  7   7

Evaluate resolutions with clustree

• The resolution from top to the bottom are 0.1,0.2,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8,0.9,1
• To identify the better resolution
  • less cross talks between lineages
  • more clusters identified

clustree(k_dat, prefix = "k", node_colour = "sc3_stability")

Evaluate resolutions with clustree

• The resolution from top to the bottom are 0.1,0.2,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8,0.9,1
• In this case, we use resolution=0.4

Clustering - optimized

Lets retry clustering with our improved resolution.

seu_filt <- FindClusters(seu_filt, resolution = 0.4)

## Modularity Optimizer version 1.3.0 by Ludo Waltman and Nees Jan van Eck
## 
## Number of nodes: 9379
## Number of edges: 320091
## 
## Running Louvain algorithm...
## Maximum modularity in 10 random starts: 0.9108
## Number of communities: 11
## Elapsed time: 1 seconds

Clustering - optimized

We can see that we have slightly more clusters. We can now compare back to the original clustering, and there are some clearly defined clusters, which weren’t there before.

DimPlot(seu_filt, group.by = "seurat_clusters", label = TRUE, pt.size = 0.2) + NoLegend() +
    ggtitle("Optimized Clusters")

Clustering - default

We can see that we have slightly more clusters. We can now compare back to the original clustering, and see that cluster 12 is clearly defined now, where it wasn’t before.

DimPlot(seu_filt, group.by = "cluster_byDefault", label = TRUE, pt.size = 0.2) +
    NoLegend() + ggtitle("Default Clusters")

A basic scRNAseq workflow

overview

Identify cluster-specific marker genes

Once we have defined clusters, we want to know what distinguishes them. We can identify marker genes for each cluster by using Seurat::FindAllMarker().

In this case we are selecting only positive markers (only.pos=TRUE), genes that are found in 0.25 of cells and have a logFC 0.25 difference.

markers <- FindAllMarkers(seu_filt, only.pos = TRUE, min.pct = 0.25, logfc.threshold = 0.25)

head(markers)

##         p_val avg_log2FC pct.1 pct.2 p_val_adj cluster    gene
## S100A8      0   4.333672 0.998 0.314         0       0  S100A8
## S100A9      0   4.268987 0.999 0.445         0       0  S100A9
## VCAN        0   3.538580 0.995 0.179         0       0    VCAN
## S100A12     0   3.400537 0.982 0.128         0       0 S100A12
## LYZ         0   2.970504 0.998 0.400         0       0     LYZ
## FOS         0   2.921174 0.991 0.366         0       0     FOS

Identify cluster-specific marker genes

We can review the results with a heatmap. We will first select the top 2 genes for each cluster by log2FC.

top_genes <- markers %>%
    group_by(cluster) %>%
    slice_max(n = 2, order_by = avg_log2FC)
head(top_genes)

## # A tibble: 6 × 7
## # Groups:   cluster [3]
##   p_val avg_log2FC pct.1 pct.2 p_val_adj cluster gene    
##   <dbl>      <dbl> <dbl> <dbl>     <dbl> <fct>   <chr>   
## 1     0       4.33 0.998 0.314         0 0       S100A8  
## 2     0       4.27 0.999 0.445         0 0       S100A9  
## 3     0       1.78 0.994 0.409         0 1       IL32    
## 4     0       1.72 0.99  0.605         0 1       LTB     
## 5     0       2.00 0.973 0.335         0 2       MARCKS  
## 6     0       1.86 0.847 0.189         0 2       APOBEC3A

Identify cluster-specific marker genes

We can then use the DoHeatmap() from Seurat to plot just these genes.

DoHeatmap(seu_filt, features = top_genes$gene) + NoLegend()

Evaluate known marker genes expression

---

Known marker genes in PBMC data

• T-cells
  • Naive CD4 T-cell: IL7R, and CCR7
  • Memory CD4 T-cell: IL7R,S100A4
  • CD8 T-cell: CD8A
• B-cells: MS4A1
• Monocytes
  • CD14+ Monocyte: CD14,LYZ
  • FCGR3A+ Monocyte: FCGR3A,MS4A7
• Dendritic cells (DCs): FCER1A,CST3
• Nature Killer cells (NKs): GNLY,NKG7
• Platelets: PPBP

Evaluate marker gene expressions

We can use the FeaturePlot() function to look at the expression of speicfic genes i.e. Naive CD4 T-cell

known_marker <- c("IL7R", "CCR7")
FeaturePlot(seu_filt, features = known_marker)

Evaluate marker gene expressions

Here is another example with NK cells.

known_marker <- c("GNLY", "NKG7")
FeaturePlot(seu_filt, features = known_marker)

Match markers to clusters

We can also check the expression of markers in each cluster. First, we need to get our count data and our full list of markers.

mat <- GetAssayData(seu_filt, assay = "RNA", slot = "data")
mat <- mat[known_marker, ]
mat <- as.matrix(mat)

known_marker <- c("IL7R", "CCR7", "S100A4", "CD8A", "MS4A1", "CD14", "LYZ", "FCGR3A",
    "MS4A7", "FCER1A", "CST3", "GNLY", "NKG7", "PPBP")

Match markers to clusters

Next we need to extract out the counts per cluster for our genes of interest. Here we use an lapply to iterate over every cluster, extracting counts and getting the average for each gene of interest.

clust <- unique(seu_filt$seurat_clusters)
clust <- as.character(clust)

avgExp_byClust <- lapply(clust, function(clust, seu, known) {
    sub <- subset(seu, subset = seurat_clusters == clust)
    mat <- GetAssayData(sub, assay = "RNA", slot = "data")
    mat <- mat[known, ]
    mat <- as.matrix(mat)
    avg <- rowMeans(mat)
    return(avg)
}, seu_filt, known_marker)

names(avgExp_byClust) <- paste0("C", clust)

Match markers to clusters

Finally we get to draw a heatmap with pheatmap(). We need a matrix for this, so we first stick our results from each cluster together.

library(pheatmap)
avgExp_mat <- do.call(cbind, avgExp_byClust)
pheatmap(avgExp_mat, scale = "row")

Assign cell types by clusters

We can then manually annotate the clusters based on these markers. We do this manually based on the average expression of markers in the cluster. We will show you how to automate this later.

seu_filt[["cellType_byClust"]] <- NA
seu_filt$cellType_byClust[seu_filt$seurat_clusters %in% c(5)] <- "B-cells"
seu_filt$cellType_byClust[seu_filt$seurat_clusters %in% c(1, 4, 6)] <- "Naive CD4 T-cells"
seu_filt$cellType_byClust[seu_filt$seurat_clusters %in% c(3)] <- "Memory CD4 T-cells"
seu_filt$cellType_byClust[seu_filt$seurat_clusters %in% c(7)] <- "CD8 T-cells/NKs"
seu_filt$cellType_byClust[seu_filt$seurat_clusters %in% c(8)] <- "NKs"
seu_filt$cellType_byClust[seu_filt$seurat_clusters %in% c(2)] <- "FCGR3A+ Monocytes"
seu_filt$cellType_byClust[seu_filt$seurat_clusters %in% c(0)] <- "CD14+ Monocytes"
seu_filt$cellType_byClust[seu_filt$seurat_clusters %in% c(9)] <- "Platelets"
seu_filt$cellType_byClust[seu_filt$seurat_clusters %in% c(10)] <- "DCs"
seu_filt$cellType_byClust[is.na(seu_filt$cellType_byClust)] <- "Unspecified"

Assign cell types by clusters

Cell numbers in each cell type

table(seu_filt$cellType_byClust)

## 
##            B-cells    CD14+ Monocytes    CD8 T-cells/NKs                DCs 
##                824               2572                341                 29 
##  FCGR3A+ Monocytes Memory CD4 T-cells  Naive CD4 T-cells                NKs 
##               1118               1092               3159                161 
##          Platelets 
##                 83

Assign cell types by clusters

We can also display seurat clusters and cell types in UMAP.

DimPlot(seu_filt, group.by = c("seurat_clusters", "cellType_byClust"), label = TRUE,
    pt.size = 0.2) + NoLegend()

Differential gene expression between cell types

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Differential gene expression

Now we have classified our clusters as specific cell types we can look for differentially expressed genes.

DEGs are identified using Seurat::FindMarkers(). We will use monocytes as an example, comparing CD14+ Monocytes to FCER1A+ Monocytes.

Running Differentials

Here we will run the differential with default settings for logfc threshold, minimum percent of cells and statistical test.

deg <- FindMarkers(seu_filt, group.by = "cellType_byClust", ident.1 = "CD14+ Monocytes",
    ident.2 = "FCGR3A+ Monocytes", logfc.threshold = 0.25, test.use = "wilcox", min.pct = 0.1)

Results intepretation

We can then do a quick order to be able sort our results by the largest fold change.

• avg_log2FC: average log2_expression of ident.1 - average log2 expression of ident.2
• pct.1: percent of cells with a given gene expression (expression level > 0) in ident.1
• pct.2: percent of cells with a given gene expression (expression level > 0) in ident.2
• p_val: p value estimated by using wilcox method
• p_val_adj: adjust p value calculated with FDR

deg$Symbol <- rownames(deg)
deg <- deg[order(-deg$avg_log2FC), ]
head(deg)

##        p_val avg_log2FC pct.1 pct.2 p_val_adj Symbol
## S100A9     0   7.284148 0.998 0.275         0 S100A9
## LYZ        0   6.697938 0.997 0.203         0    LYZ
## S100A8     0   6.506652 0.997 0.143         0 S100A8
## CTSS       0   4.821312 0.997 0.378         0   CTSS
## MNDA       0   4.591103 0.996 0.030         0   MNDA
## VCAN       0   4.557196 0.985 0.021         0   VCAN

Volcano Plot

To visualize the global changes, we can use a Volcano plot. As always we must first prepare our dataframe for plotting. In this case we can categorize our genes into groups based on significance and fold change: l2FC 0.585 (which is 1.5x) and padj 0.05.

deg$sig <- NA
deg$sig[deg$avg_log2FC >= 0.585 & deg$p_val_adj < 0.05] <- "CD14+"
deg$sig[deg$avg_log2FC <= -0.585 & deg$p_val_adj < 0.05] <- "FCGR3A+"
deg$sig[is.na(deg$sig)] <- "nc"
deg$sig <- factor(deg$sig, levels = c("CD14+", "nc", "FCGR3A+"))

table(deg$sig)

## 
##   CD14+      nc FCGR3A+ 
##     998    1894     288

Volcano Plot

ggplot(deg, aes(x = avg_log2FC, y = -log10(p_val_adj), color = sig)) + geom_point() +
    scale_color_manual(values = c("red", "grey", "blue")) + labs(x = "log2_Fold-Changes",
    y = "-log10_adjPV", color = "") + theme_classic()

Customizing your differentials

Seurat has many different options for differentials. You can use these to fully customize your analysis.

• Assign the groups we want to compare: group_by
• If we want to get a unfiltered results: set logfc.threshold = 0 and min.pct = 0
• Seurat also support different statistic methods: Wilcox Rank Sum test (wilcox), likelihood-ratio test (bimod),receiver operating characteristic (roc),Student’s T-test (t),negative binomial linear model (negbinom), poisson generalized linear model (poisson), logitstic regression (LR), MAST, DESeq2

Further reading

We have based our workflow on the Seurat vignettes and OSCA book from Bioconductor.

UMAPS: * Data Science blog post * Bioinformatic presentation - Babraham Institute